Королевство Хорватия  в союзе с Венгрией сохраняло достаточную  самостоятельность, особенно в вопросах местного  самоуправления. В образовавшемся в начале XII в. Венгеро-Хорватском государстве Хорватией управлял бан (князь-наместник, избиравшийся из местной знати) и национальный парламент (сабор). Власть сосредоточилась в руках крупных землевладельцев-феодалов.

В XIII в. от нашествия татаро-монголов пострадали Далмация и Паннония. В середине столетия король Бела IV расширил торговые привилегии для многих хорватских городов, в том числе Градеца, который много позже, в XIX в., объединился с соседним Каптолом и стал Загребом – нынешней столицей Хорватии. После смерти Белы Венеция захватила Шибеник и Трогир.

В XV- XVI веках большая часть Хорватии практически утратила независимость. В начале XV века Истрия и Далмация снова перешли под власть Венецианской республики. А в XVI веке Османская империя завоевала соседние с Хорватией страны – Сербию, Боснию и Герцеговину и встала у границ Венгеро-Хорватского государства.

В 1526 г. венгерские войска встретились с османами при г. Мохаче. В знаменитой Мохачской битве венгры потерпели поражение. Славония, Западная Босния и Лика перешли в руки турок. В этой битве погиб венгерский король Людовик II. Хорватский сабор избрал новым королем брата императора Священной Римской империи, австрийского короля Фердинанда I Габсбурга. Хорваты надеялись получить от империи помощь в борьбе с турками. Большая часть хорватских земель была присоединена к владениям Габсбургов – Австрийской империи.

Но процесс изгнания турок затянулся надолго. К 1592 г. уже большая часть бывшего хорватского государства была оккупирована османами. Вследствие этих войн внутри страны царил хаос – часть населения бежала от завоевателей, оставшихся турки продавали в рабство или насильно депортировали.

В 1593 г. состоялась битва при г. Сисаке. Турки были не просто разбиты – большая часть их армии и главнокомандующий погибли в сражении, другая часть бежала. Это было первое крупное поражение турок за всю историю их завоеваний в Балканском регионе. Вся Хорватия вскоре была освобождена, и соответственно, перешла в руки Габсбургов, т. е. Австрийской империи.

В результате, к XVII веку часть территории современной Хорватии находилась под властью габсбургской Австрии (континентальная Хорватия), Истрией и Далмацией владела Венеция, Дубровник по-прежнему сохранял независимость.

В 1630-е гг. на границе с турками сформировалась так называемая Военная граница (Vojna Krajina), административная область на границе, пользовавшаяся автономией и подчинявшаяся напрямую австрийским властям. Эти земли в ходе бесконечных войн обезлюдели, и для защиты границ от турок здесь были выстроены мощные оборонительные укрепления. Постепенно на Военной границе стали селиться беженцы с османских территорий, в основном, православные сербы.

Окончательное освобождение от турок произошло только в конце XVII века. В 1683 - 1699 гг. австро-турецкая война положила конец турецкому владычеству.

В XVIII веке наступил относительно спокойный период в истории Хорватии. В 1715 году Габсбургами была прекращена монополия Венеции на судоходство по Адриатике, в 1719 появились свободные порты в Триесте и Риеке. В этот период восстанавливаются старые и активно строятся новые дороги. Австрийское правительство проводит политику германизации – Славонию заселяют немецкие колонисты, что вызывает протест хорватского населения.

Экономический рост и стабильность привели к расцвету культуры и ремесел. XVIII век – расцвет хорватского барокко. Особенно богат архитектурными памятниками эпохи барокко город Вараждин, который в этот период являлся столицей Хорватского государства. В 1776 году после пожара столица была перенесена в Загреб. В Далмации в это же время созданы красивейшие палаццо и дворцы в венецианском стиле.

В 1790 году хорватское дворянство вновь признало административную зависимость Хорватии от Венгрии. В 1797 г. пала Венецианская республика. Далмация сначала была присоединена к Австрийской империи, но в результате наполеоновских войн к 1809 г. вошла в состав наполеоновской Франции. Дубровницкая республика также прекратила свое существование, покорилась Наполеону и вошла в состав Иллирийских провинций, объединивших Далмацию, Истрию и Словению. После поражения Наполеона при Ватерлоо в 1815 г. все эти территории стали частью Габсбургской монархии.

В 1840-е годы в Хорватии произошел ряд важных событий. В 1847 году хорватский язык был признан официальным языком в хорватском парламенте – Саборе (до этого в парламенте говорили на латыни). В 1848 году возникло политическое движение иллирийцев, которые выступали за объединение всех хорватов против зависимости от Венгрии. Возглавил это движение предводитель иллирийской аристократии бан Йосип Елачич (1801-1859 гг.). Он был генералом австрийской армии и главнокомандующим войсками Хорватии и Военной границы. Под его командованием было подавлено восстание венгров в Вене и революция в Венгрии 1848 г.. В этом конфликте хорваты встали на сторону Австрии, чтобы взамен получить независимость от Венгрии.

Несмотря на победу бана Елачича, в 1848 г. хорваты потеряли значительную часть своей автономии. Иллиризм как политическое движение был запрещён. И все же Хорватия обрела независимость от Венгрии и разрешение на употребление хорватского языка в учреждениях и школах.

В 1850-е был принят ряд законов об освобождении крестьян от феодальной зависимости – о выкупе крестьян и об отделении крестьянских земель от помещичьих. В этом процессе также огромную роль сыграл бан Йосип Елачич. Хорваты почитают его как национального героя, в Загребе ему поставлен памятник на главной площади, носящей его имя.

В 1866 году загребский епископ Йосип Юрай Штроссмайер основал хорватскую Академию искусств и наук.

В 1867 году Австрия потерпела поражение в войне с Пруссией и под венгерским нажимом империя была преобразована в единую монархию Австро-Венгрию. В результате Хорватия вновь была разделена – Славония вошла в состав королевства Венгерского, а Истрия и Далмация – в состав Австрийской империи.

В 1881 году была упразднена и присоединена к Хорватии Военная граница – пограничная с Турцией область Австрийской империи, в которой проживало много хорватов.

Конец XIX века отмечен аграрным и экономическим кризисом, который привел к массовым миграциям хорватского населения и народным волнениям, и последствия которого не замедлили сказаться в следующем, XX веке.